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wiki:computo:tutorial_slurm

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wiki:computo:tutorial_slurm [2022/01/06 19:52]
srgualpa [Ejemplos Script Slurm] 		wiki:computo:tutorial_slurm [2022/01/07 20:11] (actual)
srgualpa [Ejemplos Script Slurm]
Línea 1457: Línea 1457:
                 ### Cargar los módulos para la tarea                 ### Cargar los módulos para la tarea
                 # FALTA: Agregar los módulos necesarios                 # FALTA: Agregar los módulos necesarios
-                module load gpu cuda/9.1.85 +                module load gcc 
 +                module load cuda
                 ### Largar el programa                 ### Largar el programa
                 # FALTA: Cambiar el nombre del programa                 # FALTA: Cambiar el nombre del programa
Línea 1503: Línea 1503:
             ### Cargar los módulos para la tarea             ### Cargar los módulos para la tarea
             # FALTA: Agregar los módulos necesarios             # FALTA: Agregar los módulos necesarios
-            module load clemente ...+            module load gcc 
 +            module load openmpi
  
             ### Largar el programa con los cores detectados             ### Largar el programa con los cores detectados
Línea 1559: Línea 1560:
             ### Cargar los módulos para la tarea             ### Cargar los módulos para la tarea
             # FALTA: Agregar los módulos necesarios             # FALTA: Agregar los módulos necesarios
-            module load clemente etc...+            module load gcc
  
             ### Largar el programa             ### Largar el programa
Línea 1573: Línea 1574:
            
          
-     
-     
-     
-  
-<button class="botonPanel"  >Scripts Slurm Mendieta</button> 
-<div class="panel"> 
  
-</div> 
          
- 
-     
- 
-     
-     
-   
-        <button class="botonPanel"  >GROMACS</button> 
-     <div class="panel"> 
-         <br> 
-         <ul class="ul1"> 
-            <li class="li1">Tarea: ejecutar programas utilizando  </li> 
-            <li class="li1">Ejecución: sbatch submit_gromacs.sh </li> 
-            <li class="li1">Partición: gpu </li> 
-            <li class="li1">Tiempo máximo: 7 días  </li> 
-         </ul>     
-         <br> 
-</HTML>           
-        <file c submit_gromacs.sh[enable_line_numbers="true",highlight_lines_extra="7,10,13,22,24,23,27,33,36"]> 
-            #!/bin/bash 
- 
-            ### Las líneas #SBATCH configuran los recursos de la tarea 
-            ### (aunque parezcan estar comentadas) 
- 
-            ### Usar cola gpu 
-            #SBATCH --partition=gpu 
- 
-            ### Nombre de la tarea 
-            #SBATCH --job-name=gromacs 
- 
-            ### Cantidad de nodos a usar 
-            #SBATCH --nodes=2 
- 
-            ### Procesos por nodo 
-            #SBATCH --ntasks-per-node=1 
- 
-            ### GPUs por nodo 
-            #SBATCH --gres=gpu:1 
- 
-            ### Cores por nodo 
-            #SBATCH --cpus-per-task=20 
-            export OMP_NUM_THREADS=20 
-            export MKL_NUM_THREADS=20 
- 
-            ### Tiempo de ejecucion. Formato dias-horas:minutos. Maximo una semana. 
-            #SBATCH --time 7-0:00 
- 
-            ### Environment setup 
-            . /etc/profile 
- 
-            ### Environment modules 
-            module load md/gromacs/5.0.2 
- 
-            ### Largar el progrma en cuestion 
-            srun mdrun_mpi 
-        </file> 
-<HTML>   
-    </div>   
-    
-     
-       
-    <button class="botonPanel"  >LAMMPS</button> 
-     <div class="panel"> 
-         <br> 
-         <ul class="ul1"> 
-            <li class="li1">Tarea: ejecutar programas utilizando  </li> 
-            <li class="li1">Ejecución: sbatch submit_lammps.sh </li> 
-            <li class="li1">Partición: gpu </li> 
-            <li class="li1">Tiempo máximo: 7 días  </li> 
-         </ul>     
-         <br> 
-</HTML>           
-        <file c submit_lammps.sh[enable_line_numbers="true",highlight_lines_extra="7,10,13,17,22,21,23,27,28,31,33,41,46"]> 
-                #!/bin/bash 
- 
-                ### Las líneas #SBATCH configuran los recursos de la tarea 
-                ### (aunque parezcan estar comentadas) 
- 
-                ### Nombre de la tarea 
-                #SBATCH --job-name=lammps 
- 
-                ### Cola a usar (capacity, capability, gpu) 
-                #SBATCH --partition=gpu 
- 
-                ### Cantidad de nodos a usar 
-                #SBATCH --nodes=1 
- 
-                ### Cantidad de procesos a lanzar por nodo 
-                ### capacity=16, capability=18, gpu=20 
-                #SBATCH --ntasks-per-node=20 
- 
-                ### Cores por proceso 
-                ### LAMMPS está compilado con OpenMP, probar combinaciones 
-                #SBATCH --cpus-per-task=1 
-                export OMP_NUM_THREADS=1 
-                export MKL_NUM_THREADS=1 
- 
-                ### GPUs por nodo 
-                ### capacity/capability=0, gpu=1 (K20X) o 2 (M2090) 
-                #SBATCH --constraint=kepler 
-                #SBATCH --gres=gpu:1 
- 
-                ### Tiempo de ejecucion. Formato dias-horas:minutos. Maximo una semana. 
-                #SBATCH --time 7-0:00 
- 
-                ### Script que se ejecuta al arrancar el trabajo 
- 
-                ### Cargar el entorno del usuario incluyendo la funcionalidad de modules 
-                ### No tocar 
-                . /etc/profile 
- 
-                ### Cargar los módulos para la tarea 
-                # FALTA: Agregar los módulos necesarios 
-                module load md/lammps/15may15 
- 
-                ### Largar el programa con los cores detectados 
-                ### La cantidad de nodos y cores se detecta automáticamente 
-                # FALTA: agregar parámetros 
-                srun lmp_mendieta (...) 
-        </file> 
-<HTML> 
-    </div> 
-    
-     
-     
-     
-    <button class="botonPanel"  >PHI MPI</button> 
-     <div class="panel"> 
-         <br> 
-         <ul class="ul1"> 
-            <li class="li1">Tarea: ejecutar programas utilizando los núcleos xeon PHI con MPI </li> 
-            <li class="li1">Ejecución: sbatch submit.sh </li> 
-            <li class="li1">Partición: phi </li> 
-            <li class="li1">Tiempo máximo: 7 días  </li> 
-         </ul>     
-         <br> 
-</HTML>        
-        <file c submit.sh[enable_line_numbers="true",highlight_lines_extra="7,10,13,16,17,20,23"]> 
-            #!/bin/bash 
- 
-            ### Las líneas #SBATCH configuran los recursos de la tarea 
-            ### (aunque parezcan estar comentadas) 
- 
-            ### Nombre de la tarea 
-            #SBATCH --job-name=test-phi-mpi 
- 
-            ### Cola a usar 
-            #SBATCH --partition=phi 
- 
-            ### No queremos compartir xeon phis, poca memoria 
-            #SBATCH --exclusive 
- 
-            ### Usar un xeon phi de 57 cores 
-            #SBATCH --nodes=1 
-            #SBATCH --ntasks-per-node=57 
- 
-            ### Cores por proceso (para MPI+OpenMP) 
-            #SBATCH --threads-per-core=4 
- 
-            ### Tiempo de ejecucion. Formato dias-horas:minutos. Maximo una semana. 
-            #SBATCH --time 7-0:00 
-        </file> 
-<HTML><br></HTML> 
-<file make Makefile[enable_line_numbers="true",highlight_lines_extra=""]> 
-             CC=mpiicc 
-            CFLAGS=-Wall -Wextra -O2 -mmic -openmp -mkl=parallel 
- 
-            TARGETS=proctest 
- 
-            proctest: proctest.o 
-                    $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $< 
- 
-            .PHONY: clean 
- 
-            clean: 
-                    rm -f *.o $(TARGETS) 
- 
-        </file>          
-<HTML><br></HTML> 
-<file c proctest.c[enable_line_numbers="true",highlight_lines_extra=""]> 
-            #include <stdio.h> 
-            #include <omp.h> 
- 
-            #include "mpi.h" 
- 
-            int main(int argc, char ** argv) { 
- 
-                MPI_Init(&argc, &argv); 
- 
-                int commsize, commrank; 
-                MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &commsize); 
-                MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &commrank); 
- 
-                #pragma omp parallel 
-                { 
-                    int omptid = omp_get_thread_num(); 
-                    int ompthreads = omp_get_num_threads(); 
- 
-                    #pragma omp critical 
-                    printf("MPI:%d/%d   OMP:%d/%d\n", commrank, commsize, omptid, ompthreads); 
-                } 
- 
-                MPI_Finalize(); 
-                return 0; 
-            } 
- 
-        </file> 
                          
-<HTML>    
-    </div> 
-    
-          
-           
-          
-             
-    <button class="botonPanel"  >PHI OPENMP</button> 
-     <div class="panel"> 
-         <br> 
-         <ul class="ul1"> 
-            <li class="li1">Tarea: ejecutar programas utilizando los núcleos xeon PHI con OPENMP </li> 
-            <li class="li1">Ejecución: sbatch submit_omp.sh </li> 
-            <li class="li1">Partición: phi </li> 
-            <li class="li1">Tiempo máximo: 7 días  </li> 
-         </ul>     
-         <br> 
-</HTML>          
-<file c submit_omp.sh[enable_line_numbers="true",highlight_lines_extra="7,10,13,16,19,20,23,34,35,38"]> 
-             #!/bin/bash 
  
-            ### Las líneas #SBATCH configuran los recursos de la tarea 
-            ### (aunque parezcan estar comentadas) 
- 
-            ### Nombre de la tarea 
-            #SBATCH --job-name=test-phi-openmp 
- 
-            ### Cola a usar 
-            #SBATCH --partition=phi 
- 
-            ### No queremos compartir xeon phis, poca memoria 
-            #SBATCH --exclusive 
- 
-            ### Un solo proceso para OpenMP 
-            #SBATCH --ntasks=1 
- 
-            ### Cores por proceso 
-            #SBATCH --cpus-per-task=57 
-            #SBATCH --threads-per-core=4 
- 
-            ### Tiempo de ejecucion. Formato dias-horas:minutos. Maximo una semana. 
-            #SBATCH --time 7-0:00 
- 
-            ### Script que se ejecuta al arrancar el trabajo 
- 
-            ### Cargar el entorno del usuario 
-            ### (en phi: MKL e Intel MPI) 
-            ### No tocar 
-            . /etc/profile 
- 
-            ### No tenemos módulos en los xeon phi 
-            ### Hasta 4 hilos por core 
-            export OMP_NUM_THREADS=228 
-            export MKL_NUM_THREADS=228 
- 
-            ### Largar el programa 
-            srun ./proctest 
-        </file> 
-<HTML><br></HTML> 
-<file make Makefile[enable_line_numbers="true",highlight_lines_extra=""]> 
-                CC=icc 
-                CFLAGS=-Wall -Wextra -O2 -mmic -openmp -mkl=parallel 
- 
-                TARGETS=proctest 
- 
-                proctest: proctest.o 
-                        $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $< 
- 
-                .PHONY: clean 
- 
-                clean: 
-                        rm -f *.o $(TARGETS) 
-        </file> 
-<HTML><br></HTML> 
-            
-<file c proctest.c[enable_line_numbers="true",highlight_lines_extra=""]> 
-                #include <stdio.h> 
-                #include <omp.h> 
- 
-                int main(int argc, char ** argv) { 
- 
-                    #pragma omp parallel 
-                    { 
-                        int omptid = omp_get_thread_num(); 
-                        int ompthreads = omp_get_num_threads(); 
- 
-                        #pragma omp critical 
-                        printf("OMP:%d/%d\n", omptid, ompthreads); 
-                    } 
- 
-                    return 0; 
-                } 
- 
- 
-        </file> 
-<HTML>   
-    </div> 
     </div>     </div>
  
wiki/computo/tutorial_slurm.1641498776.txt.gz · Última modificación: 2022/01/06 19:52 por srgualpa