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srgualpa
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srgualpa [Herramientas]
@@ Línea 153: / Línea 153: @@
-/* FIN Estilo para el texto paracido consola*/
+/
-.tips{
-    color:#795548 ;
-    background-color:#ffffcc ;
-    padding:0.2em 16px;
-    border: 2px solid #ffff33;
-    border-radius: 15px;
-    margin-top:16px;
-    margin-bottom:16px;
-}
-/*  -----------------------------  texto oculto en la lista -------------------   */
-.textoVisible {
-    position: relative;
-    display: inline-block;
-    border-bottom: 1px dotted black;*/
-}
-.textoVisible .textoOculto {
-    visibility: hidden;
-    width: 550px;
-    background-color: black;
-    color: #fff;
-    text-align: center;
-    border-radius: 6px;
-    padding: 5px 0;
-    position: absolute;
-    z-index: 1;
-    top: 150%;
-    left: 30%;
-    margin-left: -60px;
-}
-.textoVisible .textoOculto::after {
-    content: "";
-    position: absolute;
-    bottom: 100%;
-    left: 40%;
-    margin-left: -5px;
-    border-width: 5px;
-    border-style: solid;
-    border-color: transparent transparent black transparent;
-}
-.textoVisible .textoOculto2 {
-    visibility: hidden;
-    width: 550px;
-    background-color: black;
-    color: #fff;
-    text-align: center;
-    border-radius: 6px;
-    padding: 5px 0;
-    position: absolute;
-    z-index: 1;
-    top: 150%;
-    left: -70%;
-    margin-left: -20px;
-}
-.textoVisible .textoOculto2::after {
-    content: "";
-    position: absolute;
-    bottom: 100%;
-    left: 40%;
-    margin-left: -5px;
-    border-width: 5px;
-    border-style: solid;
-    border-color: transparent transparent black transparent;
-}
-.textoVisible:hover .textoOculto2 {
-    visibility: visible;
-}
-.subrayadoVerde{
-    text-decoration-color: green;
-}
-.subrayadoAzul{
-    text-decoration-color: blue;
-}
-.textoVisible:hover .textoOculto {
-    visibility: visible;
-}
-.tipsAmarillo{
-    color:#795548 ;
-    background-color:#ffffcc ;
-    padding:0.3em 16px;
-    border: 2px solid #ffff33;
-    border-radius: 15px;
-    margin-top:16px;
-    margin-bottom:1px;
-}
-.tipsVerde{
-    color:green;
-    background-color:#ddffdd ;
-    padding:0.3em 16px;
-    border: 2px solid green;
-    border-radius: 15px;
-    margin-top:16px;
-    margin-bottom:1px;
-}
-.tipsAzul{
-    color:green;
-    background-color:#ddffff ;
-    padding:0.3em 16px;
-    border: 2px solid #607d8b;
-    border-radius: 15px;
-    margin-top:16px;
-    margin-bottom:1px;
-}
-.tipsRojo{
-    color:green;
-    background-color:#ffdddd ;
-    padding:0.3em 16px;
-    border: 2px solid red;
-    border-radius: 15px;
-    margin-top:16px;
-    margin-bottom:1px;
-}
 /*------------------------------------FIN CSS---------------------------------------------*/
@@ Línea 282: / Línea 159: @@
     color:black;
 }
 </CSS>
+======Herramientas======
-======INSTALACIÓN DE FLASH======
+**Herramientas usadas por el Grupo de Plasmas Astrofísicos**
-=====EN COMPUTADORA PERSONAL=====
+__Plasma solar__ (Dra. Mariana Cécere, Dr. Ernesto Zurbriggen, Lic. Abril Sahade)
-. Registrarse en la Universidad de Chicago: [[http://flash.uchicago.edu/|FLASH]]
+\\
+=====EUV=====
+Emulación de emisión EUV:
+[[https://homes.esat.kuleuven.be/~tomvd/fomo-c/html/index.html]]
+Dada la temperatura, densidad y velocidad de una simulación el programa obtiene la intensidad de emisión en una longitud de onda en una línea de visual. En particular el programa incluye las tablas de emisividad en el EUV para la composición química del Sol, pero descargando las tablas CHIANTI se pueden crear otras tabulaciones apropiadas para otros cuerpos celestes. Además incluye las tablas de la función de respuesta (a la temperatura y densidad) de uno de los instrumentos solares más importantes (AIA) permitiendo generar imágenes sintéticas comparables a las observaciones de dicho telescopio.\\
+Instalador: [[https://github.com/TomVeeDee/FoMo]]\\
+Licencia: [[https://github.com/TomVeeDee/FoMo/blob/master/LICENCE]]
-. Luego, se enviará por mail la aceptación y se podrá bajar el código: [[http://flash.uchicago.edu/|FLASH]]
+=====VisIt=====
+VisIt:[[https://visit-dav.github.io/visit-website/]]. Es una herramienta de visualización de datos definidos en mallas 1-, 2- y 3-dimensionales, tanto mallas estructuradas como no estructuradas. visIt es una herramienta de licencia (https://github.com/visit-dav/visit/blob/develop/LICENSE) libre y abierta, y puede funcionar en serie, o bajo mayor demanda utilizando computación paralela (MPI) o aceleración gráfica (GPU). Para más información ver el manual completo: https://visit-sphinx-github-user-manual.readthedocs.io/en/develop/index.html
-. Descomprimir el tar.gz bajado en el lugar donde se va a querer trabajar.
+Instalador: \\
+  * [[https://visit-dav.github.io/visit-website/releases-as-tables/#latest]]\\
+  * [[https://github.com/visit-dav/visit]]\\
+Licencia:[[https://github.com/visit-dav/visit/blob/develop/LICENSE]]
-. Instalar fortran, c, mpif90. Para éste último, instalar mpich.
+=====FLASH=====
-. Flash necesita la librería hdf5 1.8.12. Instalación como root: bajar, descomprimir, y hacer
+FLASH:[[https://flash.rochester.edu/site/index.shtml]]. Es un código hidrodinámico/magneto-hidrodinámico de tipo euleriano capaz de modelar escenarios propios de la física de plasmas y plasmas astrofísicos. FLASH está disponible  públicamente. El código FLASH incluye múltiples procesos físicos, e.g. radiación y conducción de calor, y puede operar con malla fija o adaptativa. FLASH puede realizar cómputo de alto desempeño operando en paralelo (MPI) con probada escalabilidad. Para más información ver el manual completo: https://flash.rochester.edu/site/flashcode/user_support/flash4_ug_4p62/
-<HTML>
-<ul class="shell-body">
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;./configure --prefix=/usr/local/hdf5</li>
-         <li style="color:greenyellow"> </li>
-         <li style="color:greenyellow"> </li>
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;make</li>
-         <li style="color:greenyellow"> </li>
-         <li style="color:greenyellow"> </li>
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;make install</li>
-</ul>
-<br>
-</HTML>
+Instalador:  [[:wiki:computo:flash#instalacion_y_uso_de_flash|Instalación y uso de FLASH]]\\
+Licencia:  {{ :wiki:licences:flash_code_license_agreement.txt |}}
+=====Emulación de emisión girosincrotrón=====
-=====EN LOS CLUSTERS=====
+Emulación de emisión girosincrotrón:[[https://wiki.esat.kuleuven.be/FoMo/FoMo-GS]]. FoMo-GS tiene como objetivo calcular la emisión de microondas (longitud de onda mm, cm) de un arco coronal pensado como un cilindro que admite oscilaciones MHD. Esta emisión es generada principalmente por la radiación girosincrotrón de electrones no térmicos atrapados. Se obtienen la intensidad total (Stokes I) y la polarización circular (Stokes V) a la frecuencia f en el plano de la imagen (x, y) en el tiempo t y los ángulos de visión específicos. Sin embargo, dado un conjunto de datos numéricos tridimensionales de la densidad, campo magnético y temperatura de cualquier objeto en estudio, el código puede ser modificado para emular la emisión girosincrotrón de otro objeto astrofísico.
-. Ya está instalado. Sólo levantar los módulos que se detallan en la sección “Uso de Flash”
-----------------------------------
+El código está pensado para ser usado en IDL, pero el grupo desarrolló la misma herramienta para Python.
-======USO DE FLASH======
+Instalador:  [[https://wiki.esat.kuleuven.be/FoMo/FoMo-GS]]\\
+Licencia:
-Manual de usuario: [[http://flash.uchicago.edu/site/flashcode/user_support/|manual de FLASH]]
-. El Makefile.h que usa para compilar el programa está en:
- /lugardeinstalacion/FLASHX.X/sites/Prototypes/Linux
- Allí hay varios ejemplos de makefiles. Para nuestro ejemplo utilizaremos un makefile que llamaremos Makefile.h.escogido. Iremos a la carpeta "site".
-<HTML>
-<ul class="shell-body">
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;cd /lugardeinstalacion/FLASHX.X/sites/</li>
-</ul>
-<br>
-</HTML>
-Ejecutar el siguiente comando.
-<HTML>
-<ul class="shell-body">
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;mkdir $HOSTNAME</li>
-</ul>
-<br>
-</HTML>
-Eso creará una carpeta que se llama como el nombre de la maquina en /sites. Copiar en esa carpeta  el Makefile.h elegido. Renombrar este archivo a Makefile.h.
-<HTML>
-<ul class="shell-body">
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;cd  /lugardeinstalacion/FLASHX.X/sites/Prototypes/Linux/ </li>
-                  <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;cp Makefile.h.elegido /lugardeinstalacion/FLASHX.X/sites/Makefile.h </li>
-</ul>
-<br>
-</HTML>
-. Módulos a cargar en las diferentes máquinas:
-<HTML>
-<br>
-<b>clemente</b>
-<br>
-<br>
-<ul class="shell-body">
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load gcc</li>
-                  <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load openmpi</li>
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load hypre</li>
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load hdf5</li>
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load flash</li>
-</ul>
-<button class="botonPanel"  >Makefile.h</button>
-<div class="panel">
-         <br>
-         <ul class="ul1">
-            <li class="li1">Nombre del archivo: Makefile.h</li>
-            <li class="li1">Servidor: clemente </li>
-         </ul>
-         <br>
-</HTML>
-<file c Makefile.h[enable_line_numbers="true",highlight_lines_extra="8,10,11,12"]>
-#FLASH makefile definitions for x86-64 Linux (GNU compilers)
-#----------------------------------------------------------------------------
-# Set the HDF5/MPI library paths -- these need to be updated for your system
-#----------------------------------------------------------------------------
-#      sites/clemente/Makefile.h
-MPI_PATH   = /opt/spack/0.16.2/opt/spack/linux-centos7-broadwell/gcc-10.2.0/openmpi-4.0.5-jdedu5ob5yuqtaujmqw7l3fyzfaatzqm/
-HDF4_PATH  =
-HDF5_PATH  = /opt/spack/0.16.2/opt/spack/linux-centos7-broadwell/gcc-10.2.0/hdf5-1.10.7-6v6h3jwmez6mhhfg5vrhp2odezq7kdat/
-HYPRE_PATH = /opt/spack/0.16.2/opt/spack/linux-centos7-broadwell/gcc-10.2.0/hypre-2.20.0-izz4brayoocfvlz2u3z76avmrlvls2gi/
-ZLIB_PATH  = /opt/spack/0.16.2/opt/spack/linux-centos7-broadwell/gcc-10.2.0/zlib-1.2.11-nk6k5unszfepso6b4zvivtimoeped7if/
-PAPI_PATH  =
-PAPI_FLAGS =
-NCMPI_PATH = /usr/local/netcdf
-MPE_PATH   =
-#----------------------------------------------------------------------------
-# Compiler and linker commands
-#
-#   Use the MPICH wrappers around the compilers -- these will automatically
-#   load the proper libraries and include files.  Version of MPICH prior
-#   to 1.2.2 (?) do not recognize .F90 as a valid Fortran file extension.
-#   You need to edit mpif90 and add .F90 to the test of filename extensions,
-#   or upgrade your MPICH.
-#----------------------------------------------------------------------------
-FCOMP   = ${MPI_PATH}/bin/mpif90
-CCOMP   = ${MPI_PATH}/bin/mpicc
-CPPCOMP = ${MPI_PATH}/bin/mpic++
-LINK    = ${MPI_PATH}/bin/mpif90
-# pre-processor flag
-PP      = -D
-#----------------------------------------------------------------------------
-# Compilation flags
-#
-#  Three sets of compilation/linking flags are defined: one for optimized
-#  code, one for testing, and one for debugging.  The default is to use the
-#  _OPT version.  Specifying -debug to setup will pick the _DEBUG version,
-#  these should enable bounds checking.  Specifying _TEST is used for
-#  flash_test, and is set for quick code generation, and (sometimes)
-#  profiling.  The Makefile generated by setup will assign the generic token
-#  (ex. FFLAGS) to the proper set of flags (ex. FFLAGS_OPT).
-#----------------------------------------------------------------------------
-OPENMP =
-#-fopenmp
-#  *************************cambio ********************************
-#        PATRON
-#FFLAGS_OPT = -c -O2  -fdefault-real-8 -fdefault-double-8 \
-#-Wuninitialized
-#        OPTIMIZADO
-FFLAGS_OPT = -c -O3 -march=broadwell -fdefault-real-8 -fdefault-double-8 \
--Wuninitialized
-#I explictly add -O0 because I found that compiling source files without
-#an optimization flag generates the same object code as compiling source
-#files with -O2.  The -O0 is required so that gdb no longer shows
-#"<value optimized out>" for certain function arguments.
-FFLAGS_DEBUG = -ggdb -c -O0 -fdefault-real-8 -fdefault-double-8 \
--pedantic -Wall -Waliasing \
--Wsurprising -Wconversion -Wunderflow \
--ffpe-trap=invalid,zero,overflow -fbounds-check \
--fimplicit-none -fstack-protector-all
-FFLAGS_TEST = -ggdb -c -O0 -fdefault-real-8 -fdefault-double-8
-FFLAGS_HYPRE = -I${HYPRE_PATH}/include
-F90FLAGS = -w -fallow-argument-mismatch
-#The macro _FORTIFY_SOURCE adds some lightweight checks for buffer
-#overflows at both compile time and run time (only active at -O1 or higher)
-#http://gcc.gnu.org/ml/gcc-patches/2004-09/msg02055.html
-#   *****************************cambios***********************************
-#      FLAGS PATRON
-#CFLAGS_OPT = -ggdb -c -O2 -Wuninitialized -D_FORTIFY_SOURCE=2
-#      FLAGS OPTIMIZADO
-CFLAGS_OPT = -c -O3 -march=broadwell -Wuninitialized -D_FORTIFY_SOURCE=2
-CFLAGS_DEBUG = -ggdb -c -O0 -Wno-div-by-zero -Wundef \
--Wconversion -Wstrict-prototypes -Wunreachable-code \
--pedantic -Wall -Winit-self -ftree-vrp -Wfloat-equal \
--Wunsafe-loop-optimizations -Wpadded -fstack-protector-all
-CFLAGS_TEST = -ggdb -O0 -c
-# if we are using HDF5, we need to specify the path to the include files
-CFLAGS_HDF5 = -I${HDF5_PATH}/include -DH5_USE_16_API
-CFLAGS_NCMPI = -I${NCMPI_PATH}/include
-#----------------------------------------------------------------------------
-# Linker flags
-#
-#  There is a seperate version of the linker flags for each of the _OPT,
-#  _DEBUG, and _TEST cases.
-#----------------------------------------------------------------------------
-LFLAGS_OPT   = -o
-LFLAGS_DEBUG = -ggdb -O0 -o
-LFLAGS_TEST  = -ggdb -O0 -o
-#----------------------------------------------------------------------------
-# Library specific linking
-#
-#  If a FLASH module has a 'LIBRARY xxx' line in its Config file, we need to
-#  create a macro in this Makefile.h for LIB_xxx, which will be added to the
-#  link line when FLASH is built.  This allows us to switch between different
-#  (incompatible) libraries.  We also create a _OPT, _DEBUG, and _TEST
-#  library macro to add any performance-minded libraries (like fast math),
-#  depending on how FLASH was setup.
-#----------------------------------------------------------------------------
-LIB_OPT   =
-LIB_DEBUG =
-LIB_TEST  =
-LIB_HDF4  =
-LIB_HDF5  = -L ${HDF5_PATH}/lib -lhdf5 -lz
-LIB_PAPI  =
-LIB_MATH  =
-LIB_MPI   =
-LIB_NCMPI = -L ${NCMPI_PATH}/lib -lpnetcdf
-LIB_MPE   =
-LIB_HYPRE = -L${HYPRE_PATH}/lib -lHYPRE
-# Uncomment the following line to use electic fence memory debugger.
-# export EF_ALLOW_MALLOC_0=1
-#CONFIG_LIB = -L/usr/lib64 -lefence
-#----------------------------------------------------------------------------
-# Additional machine-dependent object files
-#
-#  Add any machine specific files here -- they will be compiled and linked
-#  when FLASH is built.
-#----------------------------------------------------------------------------
-MACHOBJ =
-#----------------------------------------------------------------------------
-# Additional commands
-#----------------------------------------------------------------------------
-MV = mv -f
-AR = ar -r
-RM = rm -f
-CD = cd
-RL = ranlib
-ECHO = echo
-#----------------------------------------------------------------------------
-# Fake existence of iso_c_bindings module to prevent unnecessary recompilations.
-#----------------------------------------------------------------------------
-ifeq ($(FLASHBINARY),true)
-iso_c_binding.mod :
-    touch $@
-endif
-</file>
-<HTML>
-</div>
-<br>
-<br>
-<b>mulatona (mulatona.ccad.unc.edu.ar)</b>
-<br>
-<br>
-<ul class="shell-body">
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load gcc/7</li>
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load flash/4.4</li>
-</ul>
-<br>
-<b>mendieta (mendieta.ccad.unc.edu.ar)</b>
-<br>
-<br>
-<ul class="shell-body">
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load flash/4.5</li>
-</ul>
-<br>
-</HTML>
-. Cómo compilar el programa:
- En /lugardeinstalacion/FLASHX.X/./setup magnetoHD/proyecto -auto -parfile=flash.par +usm threadBlockList=True -objdir=object -site=clemente -2d -maxblocks=5000 -nxb=20 -nyb=10
-  * **parfile**: archivo de parámetros
-  * **+usm**: se activa el Unsplit Staggered Method. Este metodo evalua los campos en las caras, para hacer una correcta limpieza de los monopolos magnéticos.
-  * **threadBlockList**:
-  * **-objdir**: directorio donde se crearán los objetos para compilar
-  * **-site**: nombre de la máquina donde se correrá. Si no se pone nada, por default es la máquina donde estamos
-  * **-2d**: corrida bidimensional
-  * **maxblocks**: número máximo de bloques permitidos
-  * **nxb, nyb**: número de celdas por bloque.
-Luego compilar haciendo:
-<HTML>
-<ul class="shell-body">
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;cd /lugardeinstalacion/FLASHX.X/object/ </li>
-           <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;make -j 16</li>
-</ul>
-<br>
-<br>
-</HTML>
-. Cómo correr el programa
-a) Máquinas con trabajos en cola → clemente, mulatona (uso exclusivo del IATE) y mendieta (cluster UNC)
- Para correr el programa, usar los diferentes [[script>wiki:infraestructura_computo|script]] según la maquina . Se deben copiar los submit_job_maquina.sh en las carpetas donde se crean los objetos de la compilación. Luego correrlos con:
- sbatch submit_job_maquina.sh
-<HTML>
-  <i><tips class="tips">
-Tips: antes de correr verificar los cores y nodos disponibles: </tips></i><br><br>
-</HTML>
-[[Tutorial>wiki:tutorial_slurm|Tutorial de Slurm]]
-b) Para correr en las máquinas sin trabajos en cola:
-<HTML>
-<ul class="shell-body">
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;cd /lugardeinstalacion/FLASHX.X/object/ </li>
-           <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;mpirun -np 8 ./flash4</li>
-</ul>
-<br>
-</HTML>
 <JS>
 var acc = document.getElementsByClassName("botonPanel");
 var i;
@@ Línea 654: / Línea 219: @@
 </JS>
+<HTML>
+<!---
+<button class="botonPanel"  >LICENCE</button>
+<div class="panel">
+         <br>
+         <ul class="ul1">
+            <li class="li1">Programa: FoMo </li>
+            <li class="li1">link: https://github.com/TomVeeDee/FoMo/blob/master/LICENCE </li>
+         </ul>
+         <br>
+</HTML>
+<file txt Makefile.h[enable_line_numbers="true",highlight_lines_extra=""]>
+</file>
+<HTML>
+</div>
+-->
+</HTML>