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wiki:paraview:paraview [2025/12/30 16:32]
srgualpa 		wiki:paraview:paraview [2025/12/30 18:37] (actual)
srgualpa
Línea 295: Línea 295:
  
  
-**Visualización de grandes datos más sencilla con ParaView+**Visualización de grandes volúmenes de datos más sencilla con ParaView
 ** **
-ParaView es el motor de visualización de posprocesamiento de código abierto líder a nivel mundial. Se integra con sus herramientas y flujos de trabajo existentes, permitiéndole crear visualizaciones para analizar datos rápidamente. Con su interfaz de usuario abierta, flexible e intuitiva, puede analizar conjuntos de datos extremadamente grandes de forma interactiva en 3D o mediante programación mediante el procesamiento por lotes de ParaView.+ParaView es el motor de visualización de posprocesamiento de código abierto líder a nivel mundial. Se integra con herramientas y flujos de trabajo existentes, permitiendo crear visualizaciones para analizar datos de forma rápida y eficiente. Gracias a su interfaz de usuario abierta, flexible e intuitiva, es posible analizar conjuntos de datos extremadamente grandes de manera interactiva en 3D o mediante programación, utilizando el procesamiento por lotes de ParaView.
  
- +ParaView 6.0.1 se encuentra instalado en los servidores Sersic y Mirta. Para utilizar los recursos de estos servidores de alto rendimiento, ParaView permite conectarse desde una PC local. Para ello, es necesario tener ParaView instalado en la PC y seguir los pasos que se indican a continuación:
-ParaView 6.0.1 se encuentran instalados en los servidores Sersic y Mirta. +
-Para utilizar los recursos de los servidores de alto rendimiento ParaView ofrece conectarse desde una PC a los servidores. +
-Para ello se necesita la instalación de ParaView en la PC local. +
-Seguir los siguientes pasos:+
 <HTML> <HTML>
 <ul class="shell-body"> <ul class="shell-body">
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;>ssh tu_usuario@sersic</li> +         <li style="color:greenyellow"> > ssh -XY tu_usuario@sersic</li> 
-         <li style="color:greenyellow">[tu_usuario@milan01 ~]$</li>+         <li style="color:greenyellow"> > </li>
          <li style="color:greenyellow">[tu_usuario@milan01 ~]$ module load paraview</li>          <li style="color:greenyellow">[tu_usuario@milan01 ~]$ module load paraview</li>
-         <li style="color:greenyellow"> [tu_usuario@milan01 ~]$</li> +         <li style="color:greenyellow"> > </li> 
-          <li style="color:greenyellow">[tu_usuario@milan01 ~]$ pvserver --server-port=11112 --verbosity=</li> +          <li style="color:greenyellow">[tu_usuario@milan01 ~]$ pvserver --server-port=11112 --verbosity=3</li>
-</ul> +
-<br> +
-</HTML> +
-El shell debemostrarte  +
-<HTML> +
-<ul class="shell-body"> +
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;mkdir $HOSTNAME</li> +
-</ul> +
-<br> +
-</HTML> +
-Eso creará una carpeta que se llama como el nombre de la maquina en /sites. Copiar en esa carpeta  el Makefile.h elegido. Renombrar este archivo a Makefile.h. +
-<HTML> +
-<ul class="shell-body"> +
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;cd  /lugardeinstalacion/FLASHX.X/sites/Prototypes/Linux/ </li> +
-                  <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;cp Makefile.h.elegido /lugardeinstalacion/FLASHX.X/sites/Makefile.h </li>+
 </ul> </ul>
 <br> <br>
 </HTML> </HTML>
  
- +El shell debería mostrar el siguiente mensaje:
- +
-2. Módulos a cargar en las diferentes máquinas:+
  
 <HTML> <HTML>
- 
-<br> 
-<b>clemente</b> 
-<br> 
-<br> 
 <ul class="shell-body"> <ul class="shell-body">
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load gcc</li> +         <li style="color:greenyellow">(uptime) [thread name/id ]  file:line     v| </li> 
-                  <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load openmpi</li> +<li style="color:greenyellow">(0.154s) [pvserver    ]   loguru.cpp:602      1| arguments: .../bin/pvserver-real --server-port=11111 --verbosity=3</li> 
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load hypre</li> +<li style="color:greenyellow">(0.154s) [pvserver    ]   loguru.cpp:605      1| Current dir: /home/tu_usuario</li> 
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load hdf5</li> +<li style="color:greenyellow">(0.154s) [pvserver    ]   loguru.cpp:607      1| stderr verbosity: 3</li> 
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load flash</li> +<li style="color:greenyellow">(0.154s) [pvserver    ]   loguru.cpp:608      1| -----------------------------------</li> 
-</ul> +<li style="color:greenyellow">Waiting for client...</li> 
- +<li style="color:greenyellow">Connection URL: cs://milan01:11111</li> 
-<button class="botonPanel"  >Makefile.h</button> +<li style="color:greenyellow">Accepting connection(s): milan01:11111</li>
-<div class="panel"> +
-         <br> +
-         <ul class="ul1"> +
-            <li class="li1">Nombre del archivo: Makefile.h</li> +
-            <li class="li1">Servidor: clemente </li> +
-         </ul>     +
-         <br> +
-</HTML>        +
-<file c Makefile.h[enable_line_numbers="true",highlight_lines_extra="8,10,11,12"]> +
-#FLASH makefile definitions for x86-64 Linux (GNU compilers) +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
-# Set the HDF5/MPI library paths -- these need to be updated for your system +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
-#      sites/clemente/Makefile.h +
- +
- +
-MPI_PATH   = /opt/spack/0.16.2/opt/spack/linux-centos7-broadwell/gcc-10.2.0/openmpi-4.0.5-jdedu5ob5yuqtaujmqw7l3fyzfaatzqm/ +
-HDF4_PATH  = +
-HDF5_PATH  = /opt/spack/0.16.2/opt/spack/linux-centos7-broadwell/gcc-10.2.0/hdf5-1.10.7-6v6h3jwmez6mhhfg5vrhp2odezq7kdat/ +
-HYPRE_PATH = /opt/spack/0.16.2/opt/spack/linux-centos7-broadwell/gcc-10.2.0/hypre-2.20.0-izz4brayoocfvlz2u3z76avmrlvls2gi/ +
-ZLIB_PATH  = /opt/spack/0.16.2/opt/spack/linux-centos7-broadwell/gcc-10.2.0/zlib-1.2.11-nk6k5unszfepso6b4zvivtimoeped7if/ +
- +
- +
- +
-PAPI_PATH  = +
-PAPI_FLAGS = +
- +
-NCMPI_PATH = /usr/local/netcdf +
-MPE_PATH   = +
- +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
-# Compiler and linker commands +
-# +
-#   Use the MPICH wrappers around the compilers -- these will automatically +
-#   load the proper libraries and include files.  Version of MPICH prior +
-#   to 1.2.2 (?) do not recognize .F90 as a valid Fortran file extension. +
-#   You need to edit mpif90 and add .F90 to the test of filename extensions, +
-#   or upgrade your MPICH. +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
- +
-FCOMP   = ${MPI_PATH}/bin/mpif90 +
-CCOMP   = ${MPI_PATH}/bin/mpicc +
-CPPCOMP = ${MPI_PATH}/bin/mpic++ +
-LINK    = ${MPI_PATH}/bin/mpif90 +
- +
-# pre-processor flag +
-PP      = -D +
- +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
-# Compilation flags +
-# +
-#  Three sets of compilation/linking flags are defined: one for optimized +
-#  code, one for testing, and one for debugging.  The default is to use the +
-#  _OPT version.  Specifying -debug to setup will pick the _DEBUG version, +
-#  these should enable bounds checking.  Specifying _TEST is used for +
-#  flash_test, and is set for quick code generation, and (sometimes) +
-#  profiling.  The Makefile generated by setup will assign the generic token +
-#  (ex. FFLAGS) to the proper set of flags (ex. FFLAGS_OPT). +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
- +
-OPENMP = +
-#-fopenmp +
- +
- +
-#  *************************cambio ******************************** +
-#        PATRON +
-#FFLAGS_OPT = -c -O2  -fdefault-real-8 -fdefault-double-8 \ +
-#-Wuninitialized +
- +
-#        OPTIMIZADO +
-FFLAGS_OPT = -c -O3 -march=broadwell -fdefault-real-8 -fdefault-double-8 \ +
--Wuninitialized +
- +
-#I explictly add -O0 because I found that compiling source files without +
-#an optimization flag generates the same object code as compiling source +
-#files with -O2.  The -O0 is required so that gdb no longer shows +
-#"<value optimized out>" for certain function arguments. +
- +
-FFLAGS_DEBUG = -ggdb -c -O0 -fdefault-real-8 -fdefault-double-8 \ +
--pedantic -Wall -Waliasing \ +
--Wsurprising -Wconversion -Wunderflow \ +
--ffpe-trap=invalid,zero,overflow -fbounds-check \ +
--fimplicit-none -fstack-protector-all +
- +
-FFLAGS_TEST = -ggdb -c -O0 -fdefault-real-8 -fdefault-double-8 +
- +
-FFLAGS_HYPRE = -I${HYPRE_PATH}/include +
- +
- +
-F90FLAGS = -w -fallow-argument-mismatch +
- +
- +
-#The macro _FORTIFY_SOURCE adds some lightweight checks for buffer +
-#overflows at both compile time and run time (only active at -O1 or higher) +
-#http://gcc.gnu.org/ml/gcc-patches/2004-09/msg02055.html +
- +
- +
-#   *****************************cambios*********************************** +
-#      FLAGS PATRON +
-#CFLAGS_OPT = -ggdb -c -O2 -Wuninitialized -D_FORTIFY_SOURCE=2 +
- +
-#      FLAGS OPTIMIZADO +
-CFLAGS_OPT = -c -O3 -march=broadwell -Wuninitialized -D_FORTIFY_SOURCE=2 +
- +
-CFLAGS_DEBUG = -ggdb -c -O0 -Wno-div-by-zero -Wundef \ +
--Wconversion -Wstrict-prototypes -Wunreachable-code \ +
--pedantic -Wall -Winit-self -ftree-vrp -Wfloat-equal \ +
--Wunsafe-loop-optimizations -Wpadded -fstack-protector-all +
- +
-CFLAGS_TEST = -ggdb -O0 -c +
- +
- +
-# if we are using HDF5, we need to specify the path to the include files +
-CFLAGS_HDF5 = -I${HDF5_PATH}/include -DH5_USE_16_API +
-CFLAGS_NCMPI = -I${NCMPI_PATH}/include +
- +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
-# Linker flags +
-# +
-#  There is a seperate version of the linker flags for each of the _OPT, +
-#  _DEBUG, and _TEST cases. +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
- +
-LFLAGS_OPT   = -o +
-LFLAGS_DEBUG = -ggdb -O0 -o +
-LFLAGS_TEST  = -ggdb -O0 -o +
- +
- +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
-# Library specific linking +
-# +
-#  If a FLASH module has a 'LIBRARY xxx' line in its Config file, we need to +
-#  create a macro in this Makefile.h for LIB_xxx, which will be added to the +
-#  link line when FLASH is built.  This allows us to switch between different +
-#  (incompatible) libraries.  We also create a _OPT, _DEBUG, and _TEST +
-#  library macro to add any performance-minded libraries (like fast math), +
-#  depending on how FLASH was setup. +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
- +
-LIB_OPT   = +
-LIB_DEBUG = +
-LIB_TEST  = +
- +
-LIB_HDF4  = +
-LIB_HDF5  = -L ${HDF5_PATH}/lib -lhdf5 -lz +
- +
-LIB_PAPI  = +
-LIB_MATH  = +
- +
-LIB_MPI   = +
-LIB_NCMPI = -L ${NCMPI_PATH}/lib -lpnetcdf +
-LIB_MPE   = +
- +
-LIB_HYPRE = -L${HYPRE_PATH}/lib -lHYPRE +
- +
-# Uncomment the following line to use electic fence memory debugger. +
-# export EF_ALLOW_MALLOC_0=1 +
-#CONFIG_LIB = -L/usr/lib64 -lefence +
- +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
-# Additional machine-dependent object files +
-# +
-#  Add any machine specific files here -- they will be compiled and linked +
-#  when FLASH is built. +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
- +
-MACHOBJ = +
- +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
-# Additional commands +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
- +
-MV = mv -f +
-AR = ar -r +
-RM = rm -f +
-CD = cd +
-RL = ranlib +
-ECHO = echo +
- +
- +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
-# Fake existence of iso_c_bindings module to prevent unnecessary recompilations. +
-#---------------------------------------------------------------------------- +
-ifeq ($(FLASHBINARY),true) +
-iso_c_binding.mod : +
-    touch $@ +
-endif +
-</file> +
-<HTML>   +
-</div> +
- +
- +
- +
- +
-<br> +
- +
-<br> +
-<b>mulatona (mulatona.ccad.unc.edu.ar)</b> +
-<br> +
-<br> +
-<ul class="shell-body"> +
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load gcc/7</li> +
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load flash/4.4</li> +
-</ul> +
-<br> +
-<b>mendieta (mendieta.ccad.unc.edu.ar)</b> +
-<br> +
-<br> +
-<ul class="shell-body"> +
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;module load flash/4.5</li>+
 </ul> </ul>
 <br> <br>
 </HTML> </HTML>
 +En este punto, el servidor queda a la espera de la conexión desde el cliente.
  
-3. Cómo compilar el programa: +Desde la PC local, ejecutar el programa ParaView, que se utilizará como cliente. Luego, ir al menú “File” y seleccionar la opción “Connect…”.
- En /lugardeinstalacion/FLASHX.X/./setup magnetoHD/proyecto -auto -parfile=flash.par +usm threadBlockList=True -objdir=object -site=clemente -2d -maxblocks=5000 -nxb=20 -nyb=10+
  
  
-  * **parfile**: archivo de parámetros 
-  * **+usm**: se activa el Unsplit Staggered Method. Este metodo evalua los campos en las caras, para hacer una correcta limpieza de los monopolos magnéticos. 
-  * **threadBlockList**: 
-  * **-objdir**: directorio donde se crearán los objetos para compilar 
-  * **-site**: nombre de la máquina donde se correrá. Si no se pone nada, por default es la máquina donde estamos 
-  * **-2d**: corrida bidimensional 
-  * **maxblocks**: número máximo de bloques permitidos 
-  * **nxb, nyb**: número de celdas por bloque. 
  
 +{{:wiki:paraview:paraview_tutorial.png?400|}}
  
-Luego compilar haciendo: 
  
-<HTML> +En la ventana emergente, seleccionar “Add Server”. La configuración de los servidores debe ser la siguiente:
-<ul class="shell-body"> +
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;cd /lugardeinstalacion/FLASHX.X/object/ </li> +
-           <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;make -j 16</li> +
-</ul> +
-<br> +
-<br> +
-</HTML>+
  
  
-4. Cómo correr el programa+========Para Sersic========
  
-a) Máquinas con trabajos en cola → clemente, mulatona (uso exclusivo del IATE) y mendieta (cluster UNC) 
- Para correr el programa, usar los diferentes [[script>wiki:infraestructura_computo|script]] según la maquina . Se deben copiar los submit_job_maquina.sh en las carpetas donde se crean los objetos de la compilación. Luego correrlos con: 
- sbatch submit_job_maquina.sh 
  
-<HTML> +{{:wiki:paraview:paraview_config_sersic.png?400|}}
-  <i><tips class="tips"> +
-Tips: antes de correr verificar los cores y nodos disponibles: </tips></i><br><br> +
-</HTML> +
-[[Tutorial>wiki:tutorial_slurm|Tutorial de Slurm]]+
  
 +Presionar el botón "Configure"
 +========Para Mirta========
  
-b) Para correr en las máquinas sin trabajos en cola:+{{:wiki:paraview:paraview_config_mirta.png?400|}}
  
-<HTML> +Presionar el botón "Configure"
-<ul class="shell-body"> +
-         <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;cd /lugardeinstalacion/FLASHX.X/object/ </li> +
-           <li style="color:greenyellow">&nbsp;&nbsp;mpirun -np 8 ./flash4</li>+
  
-</ul> 
-<br> 
-</HTML> 
-<JS> 
  
-         
-var acc = document.getElementsByClassName("botonPanel"); 
-var i; 
  
-for (i = 0; i < acc.length; i++) { +Finalmente, establecer la conexión presionando el botón “Connect”.
-    acc[i].addEventListener("click", function() { +
-        this.classList.toggle("active"); +
-        var panel = this.nextElementSibling; +
-        if (panel.style.display === "block") { +
-            panel.style.display = "none"; +
-        } else { +
-            panel.style.display = "block"; +
-        } +
-    }); +
-}+
  
-</JS>+{{:wiki:paraview:paraview_tutorial_connect_aux_2.png?400|}}
wiki/paraview/paraview.1767112369.txt.gz · Última modificación: 2025/12/30 16:32 por srgualpa