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wiki:flash

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wiki:flash [2019/04/17 15:51] (current)
admin created
Line 1: Line 1:
  
 +<CSS>
 +
 + /​*------------------------------------- ​  ​CSS ​ ----------------------------------------------*/​
 +/* Estilo para el texto paresido consola ​ */
 +     
 + 
 +     
 +     
 +     
 +.shell-body {
 +  margin: 0;
 +  padding: 5px;
 +  list-style: none;
 +  background: ​   #​141414; ​ /* #eeffcc; amarillo*/
 +  color: #​45D40C;  ​
 +   font: 1.0em '​Andale Mono', Consolas, '​Courier New';
 +  line-height:​ 1.0em;
 +
 +  -webkit-border-bottom-right-radius:​ 3px;
 +  -webkit-border-bottom-left-radius:​ 3px;
 +  -moz-border-radius-bottomright:​ 3px;
 +  -moz-border-radius-bottomleft:​ 3px;
 +  border-bottom-right-radius:​ 3px;
 +  border-bottom-left-radius:​ 3px;
 +
 +                border: 1px solid blue;
 +            border-radius:​ 4px;
 +    ​
 +}
 +.shell-body li {
 +  word-wrap: break-word;
 +  position: relative;
 +  padding: 0 0 0 15px;
 +}
 +     
 +.recuadro{
 +    border: 1px solid #d3d3d3;
 +     ​border-radius:​ 1px;      ​
 +        padding:​0.2em 16px;
 +      margin-top:​16px;​
 +    margin-bottom:​16px;​
 +}
 +     
 + ​.recuadroCodeVerde{
 +    border: 1px solid #d3d3d3;
 +     ​border-radius:​ 1px;      ​
 +        padding:​0.2em 16px;
 +      margin-top:​16px;​
 +    margin-bottom:​16px;​
 +        color:​green;​
 +     ​background-color:#​ddffdd ;
 +}    ​
 +     
 + ​.recuadroCodeAzul{
 +    border: 1px solid #d3d3d3;
 +     ​border-radius:​ 1px;      ​
 +        padding:​0.2em 16px;
 +      margin-top:​16px;​
 +    margin-bottom:​16px;​
 +            color:blue;
 +            background-color:#​ddffff ;
 +}  ​
 +               
 +     
 +body {font-family:​ Arial;}
 +
 +/* Style the tab */
 +.tab {
 +    overflow: hidden;
 +    border: 1px solid #ccc;
 +    background-color:​ #f1f1f1;
 +}
 +
 +/* Style the buttons inside the tab */
 +.tab button {
 +    background-color:​ inherit;
 +    float: left;
 +    border: none;
 +    outline: none;
 +    cursor: pointer;
 +    padding: 14px 16px;
 +    transition: 0.3s;
 +    font-size: 17px;
 + }
 +
 +/* Change background color of buttons on hover */
 +.tab button:​hover {
 +    background-color:​ #ddd;
 +}
 +
 +/* Create an active/​current tablink class */
 +.tab button.active {
 +    background-color:​ green /*#ccc;*/
 +}
 +
 +.tablinks.active ​  {
 +    color: green /*#ccc;*/
 +}
 +
 +/* Style the tab content */
 +.tabcontent {
 +    display: none;
 +    padding: 6px 12px;
 +    border: 1px solid #ccc;
 +    border-top: none;
 + }
 +     
 +     
 +.botonPanel {
 +    background-color:​ #eee;
 +    color: ​  blue;
 +    cursor: pointer;
 +    padding: 18px;
 +    width: 100%;
 +    border: none;
 +    text-align: left;
 +    outline: none;
 +    font-size: 15px;
 +    transition: 0.4s;
 + }
 +
 +.active, .botonPanel:​hover {
 +    background-color:​ #ccc; 
 +}
 +
 +.panel {
 +    padding: 0 18px;
 +    display: none;
 +    background-color:​ white;
 +    overflow: hidden;
 +}
 +     
 +.ul1 {
 +    list-style-type:​ none;
 +    padding: 0;
 +    border: 1px solid #ddd;
 +}
 +
 +.ul1 .li1 {
 +    padding: 8px 16px;
 +    border-bottom:​ 1px solid #​ddd;  ​
 +}  ​
 +.ul1 .li1:​last-child {
 +    border-bottom:​ none;
 + 
 +}    ​
 +.textoNoImportante{ ​        
 +}
 +.consolaResaltadaconsolaResaltada {
 +    background-color:​ #​eeffcc; ​
 +        color: ​  blue;
 +}
 +     
 +
 +/* FIN Estilo para el texto paracido consola*/
 +
 +     
 +.tips{
 +    color:#​795548 ;
 +    background-color:#​ffffcc ;
 +    padding:​0.2em 16px;
 +    border: 2px solid #ffff33;
 +    border-radius:​ 15px;
 +    margin-top:​16px;​
 +    margin-bottom:​16px;​
 +}      ​
 +          ​
 +/*  ----------------------------- ​ texto oculto en la lista ------------------- ​  */
 +.textoVisible {
 +    position: relative;
 +    display: inline-block;​
 +    border-bottom:​ 1px dotted black;*/
 +}
 +
 +.textoVisible .textoOculto {
 +    visibility: hidden;
 +    width: 550px;
 +    background-color:​ black;
 +    color: #fff;
 +    text-align: center;
 +    border-radius:​ 6px;
 +    padding: 5px 0;
 +    position: absolute;
 +    z-index: 1;
 +    top: 150%;
 +    left: 30%;
 +    margin-left:​ -60px;
 +}
 +
 +.textoVisible .textoOculto::​after {
 +    content: "";​
 +    position: absolute;
 +    bottom: 100%;
 +    left: 40%;
 +    margin-left:​ -5px;
 +    border-width:​ 5px;
 +    border-style:​ solid;
 +    border-color:​ transparent transparent black transparent;​
 +}  ​
 +     
 +.textoVisible .textoOculto2 {
 +    visibility: hidden;
 +    width: 550px;
 +    background-color:​ black;
 +    color: #fff;
 +    text-align: center;
 +    border-radius:​ 6px;
 +    padding: 5px 0;
 +    position: absolute;
 +    z-index: 1;
 +    top: 150%;
 +    left: -70%;
 +    margin-left:​ -20px;
 +}
 +
 +.textoVisible .textoOculto2::​after {
 +    content: "";​
 +    position: absolute;
 +    bottom: 100%;
 +    left: 40%;
 +    margin-left:​ -5px;
 +    border-width:​ 5px;
 +    border-style:​ solid;
 +    border-color:​ transparent transparent black transparent;​
 +}     
 +.textoVisible:​hover .textoOculto2 {
 +    visibility: visible;
 +}
 +
 +.subrayadoVerde{
 +    text-decoration-color:​ green;
 +}     
 +.subrayadoAzul{
 +    text-decoration-color:​ blue;
 +}      ​
 +     
 +     
 +.textoVisible:​hover .textoOculto {
 +    visibility: visible;
 +}
 +.tipsAmarillo{
 +    color:#​795548 ;
 +    background-color:#​ffffcc ;
 +    padding:​0.3em 16px;
 +    border: 2px solid #ffff33;
 +    border-radius:​ 15px;
 +    margin-top:​16px;​
 +    margin-bottom:​1px;​
 +
 +.tipsVerde{
 +    color:​green;​
 +    background-color:#​ddffdd ;
 +    padding:​0.3em 16px;
 +    border: 2px solid green;
 +    border-radius:​ 15px;
 +    margin-top:​16px;​
 +    margin-bottom:​1px;​
 +}   
 +        ​
 +.tipsAzul{
 +    color:​green;​
 +    background-color:#​ddffff ;
 +    padding:​0.3em 16px;
 +    border: 2px solid #607d8b;
 +    border-radius:​ 15px;
 +    margin-top:​16px;​
 +    margin-bottom:​1px;​
 +}   
 +        ​
 +.tipsRojo{
 +    color:​green;​
 +    background-color:#​ffdddd ;
 +    padding:​0.3em 16px;
 +    border: 2px solid red;
 +    border-radius:​ 15px;
 +    margin-top:​16px;​
 +    margin-bottom:​1px;​
 +}     
 +           
 +/​*------------------------------------FIN CSS---------------------------------------------*/ ​      
 +.lista1{
 +    color:​black;​
 +}
 +              ​
 +
 +    ​
 +</​CSS>​
 +
 +
 +======INSTALACIÓN DE FLASH======
 +
 +=====EN COMPUTADORA PERSONAL=====
 +1. Para bajar el programa se necesita registración:​ [[http://​flash.uchicago.edu/​|FLASH]]
 +
 +2. Luego, se enviará por mail la aceptación y se podrá bajar el código: [[http://​flash.uchicago.edu/​|FLASH]]
 +
 +3. Descomprimir el tar.gz bajado en el lugar donde se va a querer trabajar.
 +
 +4. Instalar fortran, c, mpif90. Para éste último, instalar mpich.
 +
 +5. Flash necesita la librería hdf5 1.8.12. Instalación como root: bajar, descomprimir,​ y hacer 
 +<​HTML>​
 +<ul class="​shell-body">​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​./​configure --prefix=/​usr/​local/​hdf5</​li>​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">​ </li>
 +         <​li style="​color:​greenyellow">​ </li>
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​make</​li>​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">​ </li>
 +         <​li style="​color:​greenyellow">​ </li>
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​make install</​li>​
 +</ul>
 +<br>
 +</​HTML>​
 +
 +
 +
 +
 +=====EN LOS CLUSTERS=====
 + 1. Ya está instalado. Sólo levantar los módulos que se detallan en la sección “Uso de Flash”
 +
 +----------------------------------
 +
 +======USO DE FLASH======
 +
 +
 +Manual de usuario: [[http://​flash.uchicago.edu/​site/​flashcode/​user_support/​|manual de FLASH]]
 +
 +
 +1. El Makefile.h que usa para compilar el programa está en:
 + /​lugardeinstalacion/​FLASHX.X/​sites/​Prototypes/​Linux
 + Allí hay varios ejemplos de makefiles. Para nuestro ejemplo utilizaremos un makefile que llamaremos Makefile.h.escogido. Iremos a la carpeta "​site"​.
 +
 +<​HTML>​
 +<ul class="​shell-body">​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​cd /​lugardeinstalacion/​FLASHX.X/​sites/</​li>​
 +</ul>
 +<br>
 +</​HTML>​
 +Ejecutar el siguiente comando.
 +<​HTML>​
 +<ul class="​shell-body">​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​mkdir $HOSTNAME</​li>​
 +</ul>
 +<br>
 +</​HTML> ​
 +Eso creará una carpeta que se llama como el nombre de la maquina en /sites. Copiar en esa carpeta ​ el Makefile.h.elegido. Renombrar este archivo a Makefile.h.
 +<​HTML>​
 +<ul class="​shell-body">​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​cd ​ /​lugardeinstalacion/​FLASHX.X/​sites/​Prototypes/​Linux/​ </li>
 +                  <li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​cp Makefile.h.elegido /​lugardeinstalacion/​FLASHX.X/​sites/​Makefile.h </li>
 +</ul>
 +<br>
 +</​HTML> ​
 +
 +
 +
 +2. Módulos a cargar en las diferentes máquinas:
 +sersic/​mirta2/​mirta3
 +<​HTML>​
 +<ul class="​shell-body">​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​module load flash/​4.5</​li>​
 +</ul>
 +</​HTML> ​
 +
 +<​HTML>​
 +
 +<br>
 +<​b>​clemente:</​b>​
 +<br>
 +<br>
 +<ul class="​shell-body">​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​module load gcc/​7</​li>​
 +</ul>
 +<br>
 +<​b>​mulatona:​mulatona.ccad.unc.edu.ar</​b>​
 +<br>
 +<br>
 +<ul class="​shell-body">​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​module load gcc/​7</​li>​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​module load flash/​4.4</​li>​
 +</ul>
 +<br>
 +<​b>​mendieta:​mendieta.ccad.unc.edu.ar</​b>​
 +<br>
 +<br>
 +<ul class="​shell-body">​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​module load flash/​4.5</​li>​
 +</ul>
 +<br>
 +</​HTML> ​
 +
 +3. Cómo compilar el programa:
 + En /​lugardeinstalacion/​FLASHX.X/​./​setup magnetoHD/​proyecto -auto -parfile=flash.par +usm threadBlockList=True -objdir=object -site=clemente -2d -maxblocks=5000 -nxb=20 -nyb=10
 +
 + 
 +  * **parfile**:​ archivo de parámetros
 +  * **+usm**: se activa el Unsplit Staggered Method. Este metodo evalua los campos en las caras, para hacer una correcta limpieza de los monopolos magnéticos.
 +  * **threadBlockList**: ​
 +  * **-objdir**:​ directorio donde se crearán los objetos para compilar
 +  * **-site**: nombre de la máquina donde se correrá. Si no se pone nada, por default es la máquina donde estamos
 +  * **-2d**: corrida bidimensional
 +  * **maxblocks**:​ número máximo de bloques permitidos
 +  * **nxb, nyb**: número de celdas por bloque.
 + 
 +
 +Luego compilar haciendo:
 + 
 +<​HTML>​
 +<ul class="​shell-body">​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​cd /​lugardeinstalacion/​FLASHX.X/​object/​ </li>
 +           <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​make -j 16</​li>​
 +</ul>
 +<br>
 +<br>
 +</​HTML> ​
 +
 +
 +4. Cómo correr el programa
 +
 +a) Máquinas con trabajos en cola → clemente, mulatona (uso exclusivo del IATE) y mendieta (cluster UNC)
 + Para correr el programa, usar los diferentes [[script>​wiki:​infraestructura_computo|script]] según la maquina . Se deben copiar los submit_job_maquina.sh en las carpetas donde se crean los objetos de la compilación. Luego correrlos con:
 + ​sbatch submit_job_maquina.sh
 +
 +<​HTML>​
 +  <​i><​tips class="​tips">​
 +Tips: antes de correr verificar los cores y nodos disponibles:​ </​tips></​i><​br><​br>​
 +</​HTML> ​
 +[[Tutorial>​wiki:​tutorial_slurm|Tutorial de Slurm]]
 +
 +
 +b) Para correr en las máquinas sin trabajos en cola (mirta2, mirta3 y sersic):
 +   
 +<​HTML>​
 +<ul class="​shell-body">​
 +         <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​cd /​lugardeinstalacion/​FLASHX.X/​object/​ </li>
 +           <​li style="​color:​greenyellow">&​nbsp;&​nbsp;​mpirun -np 8 ./​flash4</​li>​
 +
 +</ul>
 +<br>
 +</​HTML> ​
 +
 +Estas máquinas son para hacer pruebas y hacer corridas cortas.
wiki/flash.txt · Last modified: 2019/04/17 15:51 by admin